Talentra İşin Uzmanına Soruyor: “Biyoenformatik”
11 dk okuma
COVID19'un hayatımıza girmesi ile birlikte en çok konuştuğumuz meslek dalı, sağlık alanında çalışanlar oldu. Bu alanda bizi hayata tutundurmaya çalışan doktorlarımız, hemşirelerimiz, sağlık teknisyenleri ve diğer sağlık personelinin çok değerli ve asla ödenemeyecek emekleri tartışmasız. Aşı sürecinin gündemde her gün üssel oranda daha fazla konuşulması ise haliyle biyoteknoloji ve biyoenformatik uzmanlıklarını ön plana çıkardı.
Talentra olarak bu alanda çalışan, farklı deneyimlerde uzman isimler ile Biyoenformatik uzmanlığı hakkında konuşma şansı bulduk. Görüşlerini bizimle paylaştıkları için QMUL Klinik Farmakoloji Departmanı Uzman Biyoenformatik Bilimcisi Cankut Çubuk, Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü Müdür Yardımcısı Prof. Dr. Hilal Özdağ , Seven Bridges Biyoenformatik Analisti Kübra Narcı ve DOGE Genetics and Bioinformatics Biyoenformatik Uzmanı Mehmet Öztürk ‘e çok teşekkür ederiz.
Kendilerine şu soruları ilettik:
Biyoenformatik alanına son yıllarda ilginin arttığını görüyoruz. İçerisinde hem veri bilimi hem de hayat bilimin barındırması bu çekiciliği sağlıyor. Siz biyoenformatikte kariyer geleceğini nasıl görüyorsunuz?
Bu sene tüm dünyayı etkileyen COVID19’un biyoenformatik alanındaki yatırımların artmasına etkisi olacağını düşünüyor musunuz?
Biyoenformatik alanında ilerlemek için hem Türkiye’de hem de Global’de yeterli eğitimlerin açılmış olduğunu düşünüyor musunuz?
Bu alanda yaptığınız çalışmalar size heyecan yaratıyor, iş tatmini sağlıyor mu?
Bu alana ilgi duyan genç arkadaşlarımıza eğitim ve deneyim önerileriniz ne olur?
1) 2000’li yılların başlarından itibaren hayat bilimleri alanında kulanılan, özellikle de canlıların genetik profillerini (genomik, transkriptomik, epigenetik, vb.) çıkaran yeni ve yüksek verimli laboratuvar yöntemleri geliştirilmeye başlandı. Elde edilen verinin büyük olması ve sadece işlenen verinin bilgiye dönüşerek bilim dünyasına değer sunabiliyor olması, birbirine uzak gibi duran farklı bilim dallarını tek bir çatı altında toplamaya başladı ve multidisipliner bir alan olan biyoenformatik bu şekilde hayatımıza girdi. Aslında biyoenformatik, analizlerle yapılan işlem verinin işlenerek değerli bilgiye dönüştürülmesidir. Biyoenformatik analizler ile elde edile bilgiler sayesinde kısa bir zaman içinde eskisinden daha yeni, hatalarından arındırılmış ve daha duyarlı laboratuvar temelli yöntemler geliştirildi. Dolayısıyla, araştırma ve geliştirme amaçlı yapılan çalışmaların sağlık alanında akredite olmuş, yeni medikal testler haline dönüşmesine büyük katkıda bulundu. Tıp dünyasında yakın gelecekte varılmak istenen nokta kişileştirilmiş tıptır. Yani, kanser gibi çoklu genetik değişikliklere bağlı olarak gelişen hastalıklar için, hastaların genetik profillerine göre tasarlanmış tedavi ve tanı yöntemleri ile çözümler sunmaktır. Biyoenformatik, biyoloji ve sağlık alanları birbirine yarar sağlayarak gelişmeye devam etmektedir ve bu bilim dalları birbirinden ayrı düşünülemez. Bu açıdan bakıldığında, biyoenformatik işgücüne duyulan ihtiyaçta artış olacağını ve bu alana yapılacak eğitim ya da kariyer odaklı kişisel yatırımlar için en uygun zaman diliminde olduğumuzu söyleyebiliriz.
2) Covid19 pandemi sürecinde, birçok tıbbi ve temel bilim terimlerini günlük hayatımızda kullanmaya başladık. Bunlardan bir tanesi de genetik mutasyondur. Virüslerin genetik şifresi değişime uğrayabilmektedir. Bir virüse karşı aşı geliştirmek ve onu devamlı olarak üretmek için, o virüsün genetik profiline ve gelecekte bu profilde oluşabilecek değişim bilgilerine ihtiyaç vardır. Yani, bir aşının üretilme süreci, bu aşının geliştrilmesi ve düzenli bir şekilde güncellenmesi aşamalarından oluşur. Bu süreç, kusursuz doğruluğu arayan sonsuz bir döngüdür. Gelecekte oluşabilecek mutasyon tahminleri için matematiksel modellemeler ve biyoenformatik algoritmaları kullanılır. Covid19 ile mücadele ve bulaşın kontrol altına alınması süreci, biyoteknoloji ve biyoenformatik uzmanlarının aranırlığını arttırmıştır. Özellikle biyoenformatik analistlerinin uzaktan çalışabilme olanakları, hem işveren hem de çalışan açısından büyük kolaylık sağlayan yeni iş tecrübelerini ortaya çıkarmaktadır. Covid19 süreci biyoenformatik alanına olan yatırımları arttıracaktır fakat asıl artış bu alanda yapılacak işe alımlarda olacaktır / olmaktadır.
3) Biyoenformatik alanında ilerlemek için hem Türkiye’de hem de globalde yeterli eğitimlerin açılmış olduğunu düşünüyor musunuz?
Biyoenformatik, multidisipliner bir alan olduğu için bu alanın ilk çalışanları kariyerlerini akademik alanda doktora seviyesine kadar getirmiş, bu süreçte kendilerini farklı alanlarda ve kişisel ilgileri doğrultusunda geliştirmiş kişilerden oluşmaktadır. Günümüzde biyoenformatik iş gücü multidisipliner çalışma kültürüne sahip, fen ve mühendislik fakültesi mezunlarının sektörde eğitilmesi ile giderilmektedir. Biyoenformatik iş gücüne olan ihtiyacın hızlı artış göstermesi, önce biyoenformatik yüksek lisans programlarının daha sonra ise, lisans eğitim programlarının düzenlenmesini gerekli hale getirmiştir. Fakat, biyoenformatik eğitim programları (dünya çapında) günümüzde hala yok denecek kadar az sayıdadır.
4) Multidisipliner alanlarda çalışmak hayat boyu öğrenme istediğini zorunlu kılar. Biyoenformatik alanı, gelişmekte olan bir alan olduğu için dinamikleri yüksektir ve özveri ister. Problem çözmeyi, kişisel gelişimi ve teknolojiyi seven herkesin isteyerek yapabileceği, maddi ve manevi geri dönüşü iyi olan bir çalışma alanıdır.
5) Hangi bilim dalında eğitim alırlarsa alsınlar mutlaka matematik, istatistik ve yazılım bilgilerini güncel tutsunlar. Çalışmaya imkan sağlayacak yeterlilikte yabancı dil öğrensinler. Biyoenformatik alanına yönelecek arkadaşlara yapabildikleri kadar staj yapmalarını ve yurtdışı değişim programlarına katılmalarını tavsiye ederim. Ben bu alandaki yeteneklerimi stajlarım süresince dahil olduğum projelerden edindim ve işverenlere kendimi gösterme fırsatını yakaladım. Özellikle bu alanda her stajın sonu profesyonel hayata ilk adım olarak görülmektedir.
1)Bugün pek çok alanda büyük önem kazanan büyük veri (big data) analizi ilk olarak üssel bir şekilde artarak yığılan genetik/genomik verisinin analizi için geliştirilen biyoenformatik araçlarla başladı. Genomik verinin artışı ile bilgisayar işlem gücünün artışı arasında genom projeleri çağı başladığı andan itibaren görülen bir parallelik bulunmaktadır. Başta insan sağlığı, tarım ve gıda olmak üzere “omik” verinin (genom, proteom, metabolom vb) elde edildiği bütün sahalarda biyoenformatik analiz yeteneği vazgeçilmez hale gelmiştir. Bu nedenle, ister yaşam bilimi sahasında lisans yapıp üzerine biyoenformatik uzmanlığı kazanmak, ister bilgisayar mühendisliği, matematik, istatistik gibi alanlarda lisans yapıp üzerine biyoenformatik uzmanlığı kazanmak bugün ve önümüzdeki yıllarda bu sahada çalışanlara parlak bir kariyer sağlayacaktır.
3) Dünyanın önde gelen ülke ve üniversitelerinde biyoenformatik sahasında disiplinler arası çok güçlü eğitim programları mevcuttur. Türkiye’de yaşambilimleri sahasında önde gelen üniversitelerin lisans eğitimlerinde kodlama dersleri müfredatın vazgeçilmez parçası olduğu gibi biyoenformatiğe giriş dersleri de yine bu eğitim programlarında verilmektedir. Ülkemizde bu alanda uzmanlaşma lisansüstü düzeyde halihazırda sayılı üniversitede mevcut olan yüksek lisans ve doktora programları ile mümkün olabilmektedir.
5) Günümüzde neredeyse bütün meslek/uzmanlık sahaları için bilgisayar/bilişim vazgeçilmez hale gelmiştir. Özellikle büyük veri ile uğraşan bütün gençlerin bilgisayar kodlama dillerini öğrenmesi artık “en azından bir yabancı dil bilmelisin” şartı haline gelmiştir. Bu nedenle, lisans döneminde kodlama dillerine hakimiyet kazanmalarını tavsiye ediyorum. Bu yeteneğin üzerine yaşam bilimlerinin hangi sahasına ilgi duyuyorlarsa o alanlarda lisans eğitiminin ilk yıllarından itibaren farklı merkezlerde staj imkanlarını değerlendirmeleri faydalı olacaktır. Biyoenformatik alanında ilerlerken bu alanın “biyo” kısmına da iyi hakimiyet geliştirilmesinin önemi, verinin nasıl elde edildiği, veriyi hangi parametrelerin etkileyebiliyor olduğu gibi laboratuvar aşamalarının da öğrenilmesinin çok önemli olduğu unutulmamalıdır.
Bütün alanlara uygulanabilecek bir diğer tavsiyeyi şöyle ifade edebilirim: Eğitim ve deneyim kazanma süreçlerinde bu eğitim ve deneyimleri farklı kurumlar, merkezler, ülkelerde kazanmanın getireceği artılar çok değerlidir. Gideceğiniz, eğitim alacağınız, deneyim kazanacağınız her bir farklı kurum, ülkede farklı görgü, tecrübe ile donanırsınız.
1.Biyoenformatik/ hesaplamalı biyoloji henüz çok yeni bir bilimsel disiplin. Potansiyelinin de günden güne arttığını görüyoruz ve doğrusu nereye kadar gelişebileceği de aklımızın sınırlarını zorluyor. Bu da en temel ve en keşfedilmemiş hayat bilimlerinden moleküler biyoloji ve genetiği barındırması ile ilgili bir durum, bu alanda henüz bilmediğimiz birçok bulgu var. Keza veri bilimi de son yıllarda ilgilin çok arttığı bir alan ve doğan ihtiyaca göre sürekli yeni bir yöntem geliştiriliyor. Hem bu sebeplerden hem de disiplinin çok geniş bir alanı kapsaması sebebi ile takip etmekte çok zorlandığımız bir bilimdir biyoenformatik. Son günlerde neredeyse herkesin diline pelesenk olan ‘big data’ yani büyük verinin de en çok biyolojik veri kaynaklı olduğu düşünülürse big data bir problem olmayı sürdürdükçe bioinformatics biliminin de uzun bir süre daha gelişeceği kanısındayım.
Ayrıca, yaklaşık 10 sene önce biyoenformatik için lisans üstü eğitim veren 2 ya da 3 üniversite varken şu anda bu belki 10 katına çıkmıştır. Bunun dünya ile paralel bir şekilde ilerlediğini düşünüyorum. Aynı şekilde 10 sene önce bir biyoenformatik mezunu olarak ilgilendiğiniz alanda iş bulmanız neredeyse imkansızken, biyoteknoloji ile uğraşan şirketlerin de artması ile birlikte biyolojik veri analizi yapacak insanlara ihtiyacın doğması ile birlikte özellikle biyolojik bilimlerde yetenekli ve hesaplamalı alanlara ilgi duyan kişiler özellikle bioinformatics mezunu olmamalarına rağmen bu şirketlerde iş bulmaya başladılar. Şu anda henüz bu yeterliliğe kavuşmasa da sekanslama (genom veya parçasının dizilenmesi) hizmeti veren şirketlerden başlayarak, ilaç üreten veya argesini yapan, biyoteknoloji ürünleri satan ve biyolojik bilgi içeren yazılım/algoritma üreten her şirketin bir gün bir biyoenformatik uzmanı ile çalışacağını öngörüyorum.
2) Covid19 salgını tüm dünyayı etkisine almaya başladığı günden beri hastalıkla ilgili yapılan her türlü çalışmaya verilen destekler artıyor. Direkt biyoenformatik projesi olmasa da esasen tüm covid19 projeleri bir veri analizi aşamasından geçeceği için halihazırda yapılan yatırımların bir parçası biyoenformatik analizlere aktarılmakta. Bunun dışında doğrudan covid19 için biyoenformatik yatırımları da mevcut. Şu anda salgının çözümü için her ne kadar bilim insanları hastalığı iyileştirme ya da aşı bulma yoluna gitmiş olsa da, salgının başladığı günden beri en çok merak edilen şeylerden biri bu salgının uzun süreli toplumsal etkilerinin ne olacağını tahmin etme yönünde. Bu gibi öngörüleri de ancak tüm dünyadan toplanan çeşitli kaynaklardan verinin toplanması ve analizi ile mümkün olacaktır. Bununla birlikte, aşılar tüm dünyada kullanılmaya başladıktan sonra da bunların uzun dönemli etkileri merak edilecektir. Sonuç olarak, belki de covid19 sırasında ve sonrasında en çok ilgi görecek alanlardan biri biyoenformatikdir.
3.Evet aslına bakarsanız biyoenformatik henüz gelişmekte bir alan olduğu için birçok kurumun temel eğitimlerini vermeye çalıştığını ve günden güne de artan taleple birlikte eğitimlerin de arttığını görüyorum. Özellikle biyoenformatik yönelik eğitim veren kurumlar var şu anda. Fakat bunun dışında kişinin bireysel olarak de kendi kendini geliştirebileceği birçok online ders veya youtube videosu bulunmakta. Bunun dışında benim bioinformatics alanıyla ilgili gerçekten çok sevdiğim şeylerden biri de güçlü ve yardımsever bir topluluk olmasıdır. İnternette alanla ilgili merak ettiğiniz herhangi bir sorunun cevabını çeşitli grupta kolaylıkla bulabiliyorsunuz. Alanla ilgilenmeye başladıktan sonra kişinin kendini geliştirmesi sırf bu blogları okuması ile bile mümkün.
4.Kesinlikle sağlıyor. Kişisel ilgimin hesaplamalı alanlara da kayması sebebi ile ODTÜ Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünden mezun olur olmaz Biyoenformatik bölümünde yüksek lisans yapmaya başladım. Henüz bölümdeyken de beni geliştireceğini düşündüğüm istatistik ve kodlama gibi bazı dersleri önden almıştım. Biyoenformatik projelerinde çalışmaya başladığım günden beri de zevkle ve mutluluk duyarak işimi yapıyorum. Yeni gelişen teknolojiler ve metotlar da merakımı tetikte tutuyor ve devamlı gelişmemi sağlıyor. Özellikle sürekli bir şeyler öğreniyor olmam bana büyük bir tatmin sağlıyor ve bana bu ortamı oluşturduğu için alanımı seviyorum.
5. Biyoenformatik çok büyük bir uzmanlığı temsil ediyor ve daha çok biyoloji, moleküler biyoloji ve genetik, istatistik, matematik ve bilgisayar mühendisliği mezunlarının tercih ettiği bir alan. Dışarıdan bakılınca bu disiplinlerin hepsi ancak farklı eğitimleri alarak ortak paydalarda buluşabilir. Bu yüzden kişilerin bireysel olarak eksik hissettikleri alanlarda kendilerini geliştirmeleri lazım. Örneğin moleküler biyoloji mezunu bir kişi kendini en çok istatistik alanında geliştirirse ilgileneceği projeler farklı yazılımda geliştirirse ilgileneceği projeler de farklı olabiliyor. Bu sebeple önerim, şu anda devam etmekte olan projeleri okumaları ve ilgi alanlarını çok önceden belirleyerek kendilerini bunlarda geliştirmeleri olacaktır. Bunun yanında genel olarak vereceğim tavsiye ise eğer yapabiliyorlarsa alandaki değerli hocalarımızı takip etmeleri ve mümkünse projelerinde çalışmaları ya da biyoteknoloji şirketlerinde staj yapmaları olur.
1)Biyoenformatik, içerisinde birçok dinamiği barındırıyor. Bu dinamiklerin en başında söylediğiniz gibi biyolojik veri yer alıyor. Biyolojik verinin en temeline indiğimizde DNA yer almaktadır. DNA’ yı canlıların içerisinde bulunan bir kod gibi düşünebillirsiniz. Biyolojik veri A,T,G,C olarak 4’ lü sistemden oluşur. Bunun aksine dijital veri 1 ve 0’ ın yer aldığı 2’ li sistem üzerine kurulu. Biyoenformatiğin temel amacı biyolojik veriyi işlemek, dijitalleştirmek ve anlamlandırmaktır. Biyoenformatiğin konusu direk olarak hayat bilimi olduğu için ve onun anlamlandırmak üzerine kurulu olduğu için birçok alan ile iç içe geçeceğini düşünüyorum ve
ileride daha da genişleyeceğini ve gelecekte aranan mesleklerden biri olacağını düşünüyorum.
2)Covid 19 pandemisi, bütün dünya ve bütün sektörleri etkiledi. Bu yadsınamaz bir gerçek. Fakat Biyoinformatik alanı sağlık ve biyoji ile direk olarak bağlantılı diyebiliriz. Bu bağlantıda, Covid 19 virüsünün insanlar üzerindeki etki mekanizmasının araştırılması ve bu şekilde etki mekanizmasını bloke edecek ilaçların geliştirilmesi, Sars nCOV2 virüsünün tanısı için kit tasarımları, Covid 19 un mutasyona uğrayıp uğramaıdğını takip etmek için yatırımlar yapılabilir.
3)Biyoinforamtik alanında ilerlemek için biyoloji ve veri bilimi üzerine iki yönlü bir eğitim almanın gerektiğine inanıyorum. Ülkemizde biyoinformatik alanı için daha fazla lisansüstü programlarının olması gerektiğine inanıyorum. Bunun haricinde global olarak online eğitim sitelerinden alınabilecek birçok eğitim olduğuna inanıyorum., Ayrıca global olarak birçok üniversitede lisans ve lisansüstü derecelerinde birçok eğitim imkanı bulunmakta.
4) Biyoenformatik alanında biyolojik veriyi işlemek ve anlamlandırmak gerçekten çok heyecanlı bir iş. Yaptığımız çalışmalarda bir canlının şifresini çözmüş olduğunuzu düşünebilirsiniz. Bir özellik ya da bir hastalığa sebep olan bir genetik değişimi bulabiliyorsunuz. Bir nevi bulmacanın parçalarını çözmek ve çalışmaları bir ileriye taşımak.
5) Biyoenfromatik, birçok alan ve temel bilim ile multidisipliner olarak çalışır. Özellikle bir biyoinformatikçinin iyi derecede biyoloji bilmesi. Canlılığın temel işleyini çok iyi anlaması gerekir. Bununla birlikte, veri bilimine de hakim olması gerekir.
Biyoenformatikte Linux, Phyton ve R dilleri en çok kullanılan diller arasındadır bu dillere yönelmeleri, biyoenformatik alanında uzmanlaşmaları için güzel adımlar atmış olacaklardır.
